由“拉格那母星”生存下來的人與其他漂流在宇宙中的人組成“銀河漂流艦隊”，為了找尋適合生存的星球，派遣出“宇宙少年騎士團”四處尋找。李昂（白石冬美 配音）等四人被派到太陽系而發現了地球，無意間將正在“星際大奇航”游戲中的胖虎與小夫帶進所搭乘的太空船中離開了地球。哆啦A夢與大雄、靜香為了救出他們，乘坐“宇宙救護船”追了下去。但是在途中因為空間跳躍時遭到強力電磁波擊中，導致太空船損毀。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因為跳躍裝置故障而停滯，哆啦A夢等人因此而進入了李昂的太空船，恰巧與胖虎和小夫相遇。當李昂一行人回到了“銀河漂流艦隊”前，發現與原先艦隊中多出了以李昂的父親李貝爾特（有本欽隆 配音）為首的“獨立軍”，這個獨立軍的目的就是要以武力侵略適合生存的星球，他們經由派出去的間諜佛蕾亞得知了地球的情報，并且計劃要進攻地球，大雄一行人將如何阻止“獨立軍”，從而拯救地球呢……