江戶時代末期，壓境的不是美國人的黑船，而是外太空生物的宇宙飛船。 面對強大的外星侵略者“天人”，幕府束手無策。然而民間卻有著一批憂國憂民、堅持抗敵的志士，其中包括桂小太郎、高杉晉助，以及外號“白夜叉”的銀發武士坂田銀時。他們在絕對不利的劣勢中百折不撓。然而經過多年的戰斗，最后他們失去了親友、師長，迎來了無奈的敗局。 江戶城完全被天人所控制，幕府成了傀儡。幸存下來的銀時和朋友們經營著接受各種委托的萬事屋。桂潛伏起來暗中進行攘夷活動。高杉致力于組織力量，不擇手段對抗天人的統治。 有一名神秘劍客來到江戶，桂在他的劍下不知所蹤。他擁有妖刀“紅櫻”，這是一柄具有人工智能、能根據作戰記錄進化的惡魔兵器。高杉復活了最強的戰斗集團“鬼兵隊”，利用“紅櫻”的力量展開行動，甚至不惜于舊友兵刃相向。與此同時，銀時、神樂、新八則接受了伊麗莎白的委托，尋找失蹤的桂。 桂究竟到那里去了？銀時與夕日盟友高杉的對決將迎來怎樣的結果？！