從前橋高中畢業后，小栗考入了早稻田大學第二文學院戲劇專業。大學畢業后，他成為一名自由副導演，在浦山桐郎、山本迪夫、大林宣彥、篠田正浩等人身邊工作。他成為一名自由副導演，在浦山桐郎、山本迪夫、大林宣彥、篠田正浩等人身邊工作。
    1973年，他參加了特攝電視劇《流星人佐恩》的制作，在部分劇集中擔任導演。1981年，小栗執導的電影處女作《泥之河》問世。該片以黑白的基調，通過一名少年的所見所感，展現出大阪下層人民的生活。影片奪得了莫斯科國際電影節的銀獎，并獲得了奧斯卡最佳外語片獎的提名，也為小栗在日本國內贏得了多座最佳導演的獎杯，使之一舉成名。隨后，小栗不斷推出佳作。
    1984年的《為了伽耶子》自然細膩地描繪出一名在日朝鮮少年的戀愛故事，在柏林國際電影節上獲獎；1990年，他成功地將島尾敏雄的著名私小說《死之棘》搬上了大銀幕，在戛納國際電影界上得獎，1996年反映群馬縣風貌的《沉睡的男人》又在柏林、蒙特利爾國際電影節上博得了榮譽。2005年，小栗集結了一批實力派演員推出了以農村為舞臺的幻想故事《夢幻森林》。
    小栗導演每十年才出一至二部電影，但皆為珠玉之作。這些作品題材各異、風格獨特，體現出這位電影大師對社會和人生的思考。