生于群馬縣。他從孩提時代就對拍電影產生了濃厚的興趣，當他還在上小學的時候，就看了史蒂芬·斯皮爾伯格的《外星人》，對這部電影喜歡得不得了。 就讀于近畿大學藝術學科，師從著名編劇石堂淑朗。中途退學，他搬到京都，一邊到電影院和咖啡館打工一邊寫劇本。他做了大約三四年的助理導演，但是很快意識到沒有機會學習更多的拍攝和照明技巧，于是就決定去電影學校學習。

1997年，他成為電影技術美學講座的第1期學員。1998年，制作了3分鐘的電影短片，受到了黒沢和高橋的好評。日本制片人一瀨隆重非常活躍，他監制過的《午夜兇鈴》后來曾改編成美國版。在清水崇還是一個學生的時候，他就對這個年輕人青眼有加。早年《午夜兇鈴》的編劇之一高橋洋曾經向一瀨隆重介紹過清水崇，贊揚他將來一定會大有作為。當初清水崇看過《午夜兇鈴》后拍攝了兩部短片，下決心要用一種全新的風格拍攝恐怖片，以一種清晰而又現實的方式展示惡鬼，而不是幽靈。一瀨隆重對高橋洋轉交給他的清水崇的課余作品留下了深刻的印象，他很快與日本V－Cinema電影公司達成協議，以錄像帶的形式發行這兩部作品，并決定一手提拔這個有希望的年輕導演，這樣便誕生了后來的日本版《咒怨》。它由兩部錄像帶很快紅遍整個亞洲。

清水崇的《稀人》在布魯塞爾影展拿下最佳恐怖片金鴉獎。2005年他又拍攝了《輪回》。以美版《咒怨》完成好萊塢初次亮相的清水崇，將拍攝新線公司投資的恐怖片《寄生獸》。影片根據日本同名漫畫改編，作為導演的清水崇還會參與劇本改編工作，而且與他合作的搭檔同樣包括一瀨隆重。